Modelování se provádí v následujících krocích:
Prvním krokem je rozdělení oblasti na zóny, tj. oblasti kde vzniká a končí doprava (cesty). Je-li modelována městská oblast představují zóny např. sídliště, centrum, nákupní střediska nebo průmyslové oblasti. Při modelování většího regionu jsou zóny představovány jednotlivými městy a obcemi. Druhý krok je vytvoření modelové dopravní sítě a zadání parametrů jednotlivých uzlů, úseků, křižovatek. V případě multimodálních modelů zahrnujících veřejnou dopravu jsou v této fázi zadávány rovněž jednotlivé linky veřejné dopravy a jejich parametry (rychlost, dopravní mód, interval, čas čekání na zsstávkách, aj.).
Dále následuje provedení 4 základních kroků modelování dopravy:
Výhledový scénář zohlední opatření, která jsou pro modelovou oblast uvažována. Modelová dopravní síť se doplní o plánované komunikace a jejich parametry. Jedná-li se o opatření finanční, např. poplatky za vjezd je nutno upravit příslušné funkce tak aby obsahovaly parametr nákladů. Dále je možné vypočítat změny v časové dostupnosti např. městských center vlivem přesunu nádraží, vybudování obchodních domů, satelitních měst nebo jiných plánovaných aktivit. Rovněž je možno modelovat např. rozmístění záchytných parkovišť, systémů „Park and Ride“ nebo bran pro zpoplatnění, tento postup však není „rutinní“ a proto bude předmětem dalšího výzkumu.
Dále je provedeno zatěžování výhledové sítě maticí (buď současnou nebo výhledovou, zohledňující budoucí rozvoj dané zóny) a tím jsou vypočteny výhledové intenzity automobilové dopravy nebo počty cestujících přepravujících se MHD. Dále mohou být vypočteny emise libovolné látky pro každý úsek výhledové sítě. V oblasti životního prostředí má modelování význam především pro zjišťování a predikci emisí látek znečišťujících ovzduší. S pomocí modelování dopravního chování lidí lze připravit vstupní data za příspěvek dopravy pro rozptylovou studii, zjistit vztahy mezi využitím území a dopravou (využití pro územní plánování) a zejména předpovědět budoucí změny v dopravních intenzitách a emisích vlivem konkrétních opatření.